• Stephan Klingen: Anhaltische Gemäldegalerie Dessau. Die deutschen Gemälde des 16. und 17. Jahrhunderts. Didaktischer und wissenschaftlicher Katalog der ausgestellten Gemälde, Dessau: Anhaltische Gemäldegalerie Dessau 2000
• Stephan Klingen: Von Birnau nach Salem. Der Übergang vom Rokoko zum Klassizismus in Architektur und Dekoration der südwestdeutschen Sakralkunst, Universität Bonn 1999 (Online-Ressource)
• Stephan Klingen und Margit Ziesché: Die deutschen Gemälde des 16. und 17. Jahrhunderts. Anhaltische Gemäldegalerie Dessau, 1. Aufl., Weimar: Böhlau 1996 (Kataloge der Anhaltischen Gemäldegalerie Dessau / Kritischer Bestandskatalog, 1; Kataloge der Anhaltischen Gemäldegalerie Dessau, 2)
  
  

Herausgeberschaft

• Christian Fuhrmeister, Johannes Griebel, Stephan Klingen und Ralf Peters (Hrsg.): Kunsthistoriker im Krieg. Deutscher Militärischer Kunstschutz in Italien 1943-1945, Köln, Weimar, Wien: Böhlau 2012 (Veröffentlichungen des Zentralinstituts für Kunstgeschichte in München, 29)
• Christian Fuhrmeister, Stephan Klingen, Iris Lauterbach und Ralf Peters (Hrsg.): "Führerauftrag Monumentalmalerei". Eine Fotokampagne 1943-1945, Köln, Weimar: Böhlau 2006 (Veröffentlichungen des Zentralinstituts für Kunstgeschichte in München, 18)

Aufsätze, Katalogbeiträge, Lexikonartikel

• Stephan Klingen: Die Farbdokumentation der Malereien des Nünrberger Rathaussaales. Geschichte, Probleme, Implikationen, in: Dürer und das Nürnberger Rathaus. Aspekte von Ikonographie, Verlust und Rekonstruktion. Publikation der Dürervorträge im "Schönen Saal" des Nürnberger Rathauses, 5. August 2012, hrsg. Thomas Schauerte, Petersberg: Michael Imhof Verlag 2013, S. 74-89
• Christian Fuhrmeister und Stephan Klingen: Die "Große Deutsche Kunstausstellung" 1938, Relektüre und Neubewertung, in: 1938. Kunst, Künstler, Politik, hrsg. Eva Atlan, Raphael Gross, Julia Voss, Göttingen: Wallstein Verlag 2013, S. 189-209
• Stephan Klingen: Die Überlieferungsgeschichte des Farbdiabestandes aus dem "Führerauftrag" von 1943 bis zur Digitalisierung, in: "Führerauftrag Monumentalmalerei". Eine Fotokampagne 1943-1945., hrsg. Christian Fuhrmeister, Stephan Klingen, Iris Lauterbach, Ralf Peters Böhlau 2006 (Veröffentlichungen des Zentralinstituts für Kunstgeschichte in München), S. 63-81